Projekt Fortu Aleksieja powstał w latach 1948-49 w ramach pierwszej zasadniczej przebudowy Cytadeli. W 1850 roku (lub 1854) fort wybudowano przed drugim bastionem Cytadeli. W późniejszych latach był modernizowany.

W ramach pierwszej zasadniczej przebudowy Cytadeli otoczono ją systemem fortów. Według planów zatwierdzonych przez cara Mikołaja I w grudniu 1848 i maju 1849, powstało sześć dzieł wysuniętych przed Cytadelę. Przed drugim bastionem Cytadeli w 1850 roku powstał fort Aleksieja.

Podobnie jak forty Władimira i Siergieja, został wybudowany jako ceglana baszta Montalemberta. Dwukondygnacyjne dzieło miało narys niepełnego okręgu z wejściem w szyi. Zostało otoczone fosą z galerią strzelecką w ceglanej przeciwskarpie. Rolę skarpy pełniła dolna kondygnacja baszty, z której poprowadzono w poprzek fosy dwa chodniki łączące ją z przeciwskarpą. Strop baszty został przykryty ziemnym nasypem. Wejście posiadało most zwodzony.

W latach 1864-1874 forty wokół Cytadeli zostały gruntownie zmodernizowane. Pierwotnie w ramach przebudowy część fortów została być połączona wałem z suchą fosą. Ostatecznie baszta artyleryjska została otoczona wałem z fosą w kształcie lunety (dzieło o dwóch czołach i dwóch barkach z otwartą szyją). W części barkowej ziemna skarpa została wyposażona w mur Carnota. Natomiast część czołowa posiadała ceglaną przeciwskarpę z galerią strzelecką (i systemem chodników minerskich). Po środku czoła wzniesiono kojec skarpowy. Zarówno kojec jak i przeciwskarpa zostały połączone poternami z wnętrzem fortu. Chodniki prowadzące do dwóch końców przeciwskarpy nie były schowane pod fosą lecz przecinały ją łącząc się bokami z murem Carnota. Wejścia do potern znajdowały się w wale i zostały wzbogacone o schron artyleryjski z podręczną prochownią. Fosa otaczająca samą basztę została zasypana i dodatkowo obsypano mury baszty ziemią.

Fort Aleksieja, podobnie jak inne obiekty Cytadeli, nie podlegał rozkazowi o likwidacji twierdzy z 1909 roku, mimo że nie przedstawiał wtedy większej wartości bojowej. W czasie działań wojennych nie ucierpiał znacząco więc dotrwał do okresu międzywojennego w bardzo dobrym stanie.

W 1921 roku fortowi nadano imię Romualda Traugutta, ostatniego dyktatora powstania styczniowego, który zginął na stokach pobliskiego Fortu Władimira. W okresie międzywojennym splantowane zostały stoki wału pomiędzy fortami oraz na zapolu powstało boisko i szkoła. Baszta była użytkowana przez wojsko jako magazyny.

Po II wojnie światowej wojsko nadal wykorzystywało fort ale już jako archiwum. Na okolicznym terenie działa part sportowy im. Kusocińskiego.

Zachowała się prawie cała luneta - jako jedyna ze wszystkich fortów. Zniwelowany został cały jej lewy bark wraz z poterną do przeciwskarpy. Schrony artyleryjskie na wale są w złym stanie, znacznie zniszczone ale z tunelami pod wałem. Mur Carnota cudem jeszcze stoi, nie istnieje fragment prawego chodnika do przeciwskarpy (przecinający fosę). Zachował się kojec skarpowy jak i przeciwskarpa (częściowo biegnie po niej ulica będąca łącznikiem Bonifraterskiej ze Słonimskiego). Ceglane mury w fosie są w tragicznym stanie.

W 2013 roku fort został kupiony od Agencji Mienia Wojskowego przez Michała Kicińskiego, współzałożyciela firmy CD Projekt. Obecnie fort jest remontowany, odkopano też starą fosę wokół baszty. Docelowo ma tutaj powstać... no właśnie co... jak piszą na stronie - "Chcemy stworzyć miejsce które będzie alternatywą do pędzącego świata, szczególną przestrzeń gdzie poprzez rozwój i edukację można osiągnąć równowagę oraz zadbać o własne ciało. Miejsce w którym będzie można odnaleźć harmonię i spokój."... Strona fortu Fort Traugutta, jest tam także bardzo szczegółowa historia fortu.