Po wybudowaniu linii Kolei Nadwiślańskiej carskie władze rozpoczęły projektowanie linii kolejowej z Jabłonny do Ostrołęki. Linia miała umożliwić połączenie w powstającymi umocnieniami w Zegrzu, Pułtusku i Różanie. Realizację planów rozpoczęto w 1894 roku.

W ciągu roku udało się zniwelować teren oraz usypać nasypy kolejowe i groble. Dalsze prace prowadzono równolegle z budową mostu w Zegrzu (projektu inż. Maruszewskiego). W 1897 roku położone zostały szyny kolejowe, wybudowane mostki oraz przepusty. W sierpniu tego roku linia została oddana do użytku.

Pierwotnie linia kolejowa miała przecinać Narew nowopowstałym mostem. Jednakże problemy techniczne i finansowe wstrzymały dalsze prace budowlane. Zbyt wysoki, północny brzeg Narwi skutecznie zablokował carskie plany. Ostatecznie linia kolejowa miała długość 10km, zaczynała się w Jabłonnie (obecnie Legionowo) a kończyła przy ceglanych koszarach w Zagrobach (obecnie Zegrze Południowe).

Linia kolejowa przekazana została 4 Batalionowi Kolejowemu, który zakwaterowano w specjalnie wybudowanych koszarach w Jabłonnie (Legionowo). Wykorzystywana była do szkolenia wojska (m.in. obsługi parowozów) oraz do obsługi budowy twierdzy i mostu w Zegrzu. Nie odbywał się tą drogą żaden ruch pasażerski czy cywilny towarowy.

W roku uruchomienia linii, podczas inspekcji umocnień Modlina, sam car Mikołaj II odwiedził twierdzę w Zegrzu dojeżdżając do niej pociągiem.

Na początku XX wieku władze carskie zaczęły rozważać możliwość dalszej budowy linii kolejowej do Ostrołęki, lub choćby do Pułtuska. Planowano także przekazanie torów Zarządowi Kolejki Wąskotorowej Jabłonna - Wawer. Żaden z tych projektów nie doczekał się realizacji ze względów finansowych.

Przed I Wojna Światową zdołano wybudować obwodową linię kolejową łączącą Jabłonnę (garnizon i koszary) z Rembertowem (poligon artyleryjski). Linia miała długość 30 km, rozpoczynała się we Wieliszewie i prowadziła przez Nieporęt. Miała pozwolić na ominięcie Warszawy podczas transportu wojska między garnizonami oraz lepiej skomunikować fort w Beniaminowie i koszary w Białobrzegach.

Linia kolejowa Legionowo - Zegrze ostatecznie dokończyła żywota w latach 90-tych XX wieku. Od samego powstania była nierentowna i także z tego samego powodu została zlikwidowana. Początkowo komunikację kolejową zastąpiono autobusową. Ostatecznie PKP zlikwidowało linię, dworzec kolejowy w Zegrzu został sprzedany a tory rozkradzione. Pociągi dojeżdżały jedynie do stacji Wieliszew i dalej w stronę Nieporętu.

W roku 2020 rozpoczęto pace budowlane w celu przywrócenia ruchu kolejowego do Zegrza. Wybudowano od nowa linię kolejową na odcinku Wieliszew-Zegrze oraz wybudowano nowe stacje i dworzec w Zegrzu. Otwarcie nowej-starej linii nastąpiło w czerwcu 2023 roku. Po trasie kursują pociągi SKM.