Zanim w Zegrzu zagościły wojska rosyjskie teren ten był własnością Radziwiłłów, a wcześniej Krasińskich. Od XVIII wieku istniał tutaj kościół katolicki ufundowany przez hrabiego Krasińskiego. Po rozpoczęciu budowy twierdzy zlikwidowano istniejącą tutaj parafię katolicką, a w miejscu kościoła pobudowano świątynię prawosławną. W ramach zadośćuczynienia władze rosyjskie ufundowały nowy kościół w Woli Kiełpińskiej, gdzie przeniesiono zegrzyńską parafię.

Projekt budowy zegrzyńskiej cerkwi wykonali inż. Rakint oraz kpt. inż. Lebiedyński. Prace zatwierdzone w 1894 roku, rozpoczęto rok później a ukończono wiosną 1899 roku. Świątynia uzyskała nowy bizantyjski wystrój typowy dla budownictwa prawosławnego. Posiadała charakterystyczną kopułę oraz wieżę z dzwonnicą. Cerkiew została konsekrowana i otrzymała wezwanie św. Piotr i Pawła.

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości świątynia stała się kościołem katolickim już w 1919 roku. Na przebudowę i modernizację obiektu trzeba było poczekać do roku 1932. Wtedy to ks. mjr. Żółtowski pozyskał środki, które pozwoliły na rozpoczęcie prace budowlanych zakończonych w 1935 roku. Kościół zyskał nowe kolumny prze wejściem, przebudowano kopułę oraz zniknęła charakterystyczna dzwonnica - w jej miejsce powstały dwie małe wieże.

W czasie II Wojny Światowej kościół został poważnie uszkodzony w wyniku ostrzału artyleryjskiego w 1944 roku. Po wojnie świątynia nie została odbudowana. W latach 60-tych XX w. kościół był regularnie dewastowany, a w roku 1987 wojsko ostatecznie wysadziło ruiny kościoła.

Dopiero w 1999 roku rozpoczęto budowę nowego kościoła, w miejscu poprzednich świątyń. W wystroju kościoła zachowano nieliczne fragmenty starego obiektu - kolumnę, chrzcielnicę oraz fragment schodów.

Obecnie jako parafia Zegrze funkcjonują dwie świątynie - Parafia Wojskowa pw. św. Gabriela Archanioła w Zegrzu oraz Parafia pw. Świętego Antoniego z Padwy w Woli Kiełpińskiej.