W latach 1846-1855 Cytadela Warszawska doczekała się pierwszej modernizacji. Istniejącą twierdzę otoczono pierścieniem pięciu fortów.

Ten artykuł jest już stary i czeka na aktualizację.

Zaplanowane forty miały za zadanie faktycznie wzmocnić możliwości obronne Cytadeli, gdyż były to pierwsze dzieła służące do obrony przed regularnym wojskiem a nie tylko powstańcami. Na początku powstały dwa forty postaci okrągłej baszty artyleryjskiej Montalemberta - w latach 1847-50 wybudowano fort Aleksieja (Traugutta), natomiast w latach 1849-51 fort Siergieja (Sokolnickiego). Nad Wisłą, od północnej strony Cytadeli, powstała Bateria Nadbrzeżna. W latach 1851-1852 na południe od Cytadeli zbudowano Fort Władimira (Legionów) z ziemnymi stanowiskami dla artylerii od strony rzeki. W 1854 roku na wprost Wrót Konstantynowskich powstała ziemna luneta Fort Pawła (Mierosławskiego), a w latach 1863-64 kolejna luneta Fort Gieorgija (Haukego) pomiędzy bastionem trzecim i czwartym. Wokół fortów Aleksieja i Siergieja wybudowano lunety ziemne. W trakcie prac modernizacyjnych wykonano także podziemne przejścia dla ludzi i pojazdów prowadzące do fortu Władimira oraz do fortu Gieorgija. Wyloty tych potern znajdowały się w fosie Cytadeli. W 1865 roku ukończono budowę koszarowych kazamat w podwalniach na 3 tys. żołnierzy. Kilkakrotnie modernizowany był także fort Śliwickiego. Do czasu wybudowania mostu przez Wisłę był on łączony z Cytadelą za pomocą mostu rozkładanego na łodziach (łyżwowego).

W latach 1866-1874 po raz ostatni zmodernizowano forty i samą Cytadelę. Doświadczenia wojenny innych krajów pokazały, że czas twierdzy z ciągłymi murami już przeminął. Nowoczesna technika fortyfikacyjna wskazywała na konieczność budowy dzieł wysuniętych przed starą linię obrony. Carskie władze zaprzestały dalszej rozbudowy samej Cytadeli i rozpoczęły czas twierdzy fortowej. Powstał plan wybudowania dwóch pierścieni fortów dookoła całego miasta, którego wdrożenie rozpoczęto dopiero w 1883 roku. Sama Cytadela, której wartość strategiczna w trakcie wojny byłą niska, stała się jedynie centralnym magazynem z koszarami.

W 1875 roku przy Cytadeli wybudowano linię kolejową Kolei Nadwiślańskiej. Wtedy to powstał na Wiśle dwupoziomowy most drogowo-kolejowy. Dolny poziom przeznaczono na drogę, a na górnym biegł jeden tor kolei. W 1908 roku wybudowano drugi most kolejowy, tym razem już dwutorowy. Oba mosty zostały wysadzone przez Rosjan w 1915 roku podczas opuszczania Warszawy. Współczesne mosty stoją dokładnie w tym samym miejscu. Przyczółki mostowe przeprawy kolejowej pochodzą jeszcze z czasów carskich, podobnie jak większość przejazdów pod torami kolei obwodowej.

Cytadela Aleksandrowska oparła się zębowi czasu. Od początku swojego istnienia była więzieniem politycznym i posiadała silny garnizon typowo policyjny. Na jej terenie były ulokowane główne komisje śledcze, sądy wojskowe oraz X Pawilon, czyli najbardziej znane więzienie polityczne. Dla celów więzienia wykorzystywano także kazamaty w podwalniach oraz kaponiery i pomieszczenia Bramy Konstantynowskiej. Pobliski fort Śliwickiego był miejscem załadunku wagonów, które były wysyłane na Syberię. Z Cytadeli na Syberię zesłano ponad 20 tys. osób, przy czym w samej Cytadeli przebywało nawet do 60 tys. więźniów.

Na terenie Cytadeli Warszawskiej zamordowano wielu polskich patriotów. Pomiędzy fortami Aleksieja i Władymira od 1846 roku wykonywano egzekucje, gdzie ustawiono szubienice a w fosie fortu chowano ciała. Obok fortu Władymira, 5 sierpnia 1864 roku stracono Romualda Traugutta i członków Rządu Narodowego. Od 1886 roku egzekucje wykonywano przy dzisiejszej Bramie Straceń (Wrota Iwanowskie) i ciała skazańców, tak jak poprzednio chowano w niedalekiej odległości. Władze carskie bardzo starał się aby miejsca pochówków były dobrze ukryte. Także w czasie I wojny światowej ponura tradycja tego miejsca była kontynuowana przez wojska niemieckie. Nadal ginęli tu Polacy walczący o wolność, ale także zwykli przestępcy.

Opracowano głównie na podstawie artykułu "Cytadela Warszawska - prawdy i fikcje" Wiesław Leszek Ząbek a także innych materiałów wyszczególnionych w bibliografii.