Fort VI Okęcie powstał w ramach budowy zewnętrznego pierścienia fortów twierdzy. Prace przy jego budowie rozpoczęto w 1883 roku. Był to fort artyleryjski obrony bliskiej oparty na planie fortu standardowego z 1879 roku opracowanego w Głównym Zarządzie Inżynierii.

Jak wszystkie obiekty z tamtego okresu został wybudowany z czerwonej cegły (nie budowano jeszcze dzieł betonowych). W 1888 roku ukończono wszystkie prace ziemne i murowe na obiekcie. Powstał także projekt żelaznych krat w fosie. Fort miał narys bastionu z suchą fosą. Posiadał dwa wysokie wały o krótkich przedpiersiach i trawersach w wale artyleryjskim. W trakcie późniejszej modernizacji pozostał tylko jeden wał. Obronę fosy prowadzono z trzech kaponier. Dwie skarpowe umieszczone zostały w barkach fortu, natomiast centralnie na czole umieszczono dwukondygnacyjną kaponierę skarpową (kojec). W forcie Okęcie także koszary szyjowe bronione były przez kaponierę skarpową umieszczoną w szyi fortu.

W 1889 roku przystąpiono do modernizacji zewnętrznego pierścienia fortów Twierdzy Warszawa. Doświadczenia wojenne wykazały, że ceglane forty nie są w stanie oprzeć się nowoczesnym ładunkom burzącym. Aby je wzmocnić wylewano dodatkową warstwę betonu na sklepienia fortów. Także fort Okęcie został w ten sposób przebudowany (pokryto betonem sklepienia potern i kaponier). W 1892 roku powstał projekt generalnej przebudowy fortu. Pięć lat później zaprojektowano trójkątny rawelin z tradytorem w szyi fortu za fosą. Przebudowę fortu ukończono w roku 1900. W miejsce dwóch wałów powstał jeden niższy o długim przedpiersiu przeznaczony dla piechoty i artylerii przeciwszturmowej. Była to realizacja decyzji z 1888 roku o wyprowadzeniu ciężkiej artylerii z fortów.

W 1904 roku zaprojektowano przebudowę trzech kaponier broniących rowu fortecznego. Powstały wtedy betonowe kaponiery przeciwskarpowe (a przynajmniej ich część). Rozkazem z 31 stycznia 1909 roku fort VI, podobnie jak wiele innych obiektów w Warszawie podlegał kasacji. Wysadzone zostały wszystkie kaponiery (ich ruiny pozostały do dzisiaj).

14 marca 1980 roku na terenie fortu rozbił się samolot pasażerski Ił-62M "Mikołaj Kopernik" należący do Polskich Linii Lotniczych LOT. Zginęły wszystkie osoby znajdujące się na pokładzie samolotu - 77 pasażerów (w tym piosenkarka Anna Jantar) oraz 10 członków załogi. Przyczyną katastrofy była awaria wyeksploatowanego silnika - wynik skrajnych oszczędności czasów PRL. W 1990 roku ul. Rozwojowa prowadząca do fortu otrzymała imię dowódcy samolotu pkt. Pawła Lipowczana.

Od końca II wojny światowej teren fortu Okęcie należał do Wojska Polskiego. Teren był więc zamknięty i niedostępny do zwiedzania. Od 1999 roku wojsko wyprowadziło się z fortu. Obecnie obiekt zachowany jest w ok. 50%: pozostały koszary szyjowe pozbawione czołowej ściany oraz potężne ruiny głównej kaponiery (przeciwskarpowej). Suchy rów forteczny został wtórnie zalany wodą przez co wilgoć przenika do koszar szyjowych. Częściowo zachowały się wały ale są znacznie obniżone oraz istnieje jeden pas glacis. Na terenie fortu powstało także kilka współczesnych obiektów skutecznie zamazujących czytelność obiektu.

W 1998 roku doktorzy architekci z Politechnika Warszawskiej opracowali "Koncepcję ochrony i zagospodarowania Fortu VI Okęcie w Warszawie". Powstał projekt zapewniający funkcje wystawienniczo-handlowe dla fortu a jednocześnie uczytelniający pierwotną formę fortu. Realizacji założeń będzie wymagała znacznych środków finansowych, ale miejmy nadzieję, że kiedyś zostanie wykonana.