W celu wzmocnienia wschodniego boku Warszawskiego Obszaru Fortecznego zaplanowano linię fortów łącznikowych Warszawa-Zegrze składających się z pięciu obiektów. Jednym z fortów był nieistniejący już Fort Wawer

Dwa z zaplanowanych pięciu fortów, ulokowane były na terenie dzisiejszej Warszawy - Fort Wawer i Fort Kawęczyn. Kolejne dwa w Pustelnikach i Maciołkach nigdy nie doczekały się realizacji. Ich budowę zaprzestano na oczyszczeniu przedpola i przygotowaniu dróg fortecznych. Natomiast ostatni z piątki, fort w Beniaminowie, został wybudowany i przetrwał do naszych czasów.

Forty w Wawrze i Kawęczynie powstały w latach 1892-1893. Zbudowano je w przeciągu jednego roku. Zostały usytuowane w odległości 3km od siebie i zostały zrealizowane według tego samego projektu. Były to forty jednowałowe z rowem fortecznym wypełnionym wodą. Oprócz szyi fortu nie posiadały kaponier a fosa była broniona bezpośrednio z wałów. Powierzchnia fortów wynosiła ok. 2ha. Bliskie usytuowanie obiektów pozwoliło na szybką i sprawną budowę a także na ograniczenie kosztów i ustanowienie jednego kierownictwa dla budowy obydwu fortów.

Fort Wawer był położony bardziej na południe niż Fort Kawęczyn i kontrolował nadwiślańską linię kolejową oraz ówczesną szosę Brzeską. Był ostatnim z fortów łączących Warszawę z Zegrzem. Został połączony z Twierdzą Warszawa za pomocą wału, który biegł wzdłuż dzisiejszej ul. Ostrobramskiej.

Rozkazem z 31 stycznia 1909 roku fort została przeznaczony do likwidacji. Został fragmentami rozebrany jeszcze przed I Wojną Światową. Po I wojnie, już pod polskim dowództwem, przystąpiono do ostatecznej likwidacji fortów. Z obydwu obiektów nie dotrwał do naszych czasów nawet najmniejszy ślad.

Obecnie w miejscu fortu Wawer znajduje się Park im. Matki Mojej przy ul. Łysakowskiej.