Razem z umocnieniami w Zegrzu wybudowano dwa kompleksy koszarowe: jeden w Zagrobach (dzisiaj Zegrze Południowe) oraz drugi wewnątrz twierdzy a także powstały trzy prochownie.

Pierwsza prochownia powstała w roku 1897 nad brzegiem Narwii, poniżej skarpy rzecznej. Posiada pięć pomieszczeń magazynowych otoczonych wąskim chodnikiem, którego celem było odizolowanie magazynu od wilgotnych ścian zewnętrznych. Przed magazynami znajduje się korytarz komunikacyjny zakończony dwojgiem drzwi na obu końcach. Dodatkowo po środku korytarza umieszczono przelotnię z wejściem. Zewnętrzne przelotnie podobne są do wejść do obu fortów. W trakcie modernizacji twierdzy w latach 1906-1908 na stropie prochowni umieszczono charakterystyczne ruchome czerpnie powietrza: jedna do nawiewu i druga do wyciągu, sterowane samoczynnie wiatrem. Przez wiele lat prochownia stała niewykorzystana ale zamknięta. Od 2018 roku obecny właściciel próbuje sprzedać obiekt za cenę ok. 1 mln zł (2018-2022). Wg oferty sprzedaży ma powierzchnię 520m2 i znajduje się na działce o powierzchni ok. 5 tys m2.

W trakcie modernizacji twierdzy w latach 1906-1908 powstały dodatkowe dwie prochownie także usytuowana nad brzegiem rzeki. Pierwsza ok. 150m na zachód od starego magazynu. Do prochowni prowadzą dwa wejścia, którymi wchodzi się do korytarza komunikacyjnego. Z korytarza są wejścia do czterech pomieszczeń magazynowych. Elewację frontową ozdobiono gzymsami podobnymi do ozdób carskich budynków koszarowych. Takie zdobienia wykonano tylko na tej jednej prochowni. Prochownia zachowana jest w dobrym stanie, ale nie posiada już nasypów ziemnych na stropie, nie posiada oryginalnych wywietrzników oraz ma wybite dodatkowe wejście od frontu. Obecnie znajdują się w niej magazyny przystani żeglarskiej i jest stale użytkowana. Kiedyś były plany utworzenia na stropie lokalu gastronomicznego.

Ostatnia prochownia powstała w 1907 roku, także poniżej skarpy rzecznej, ale bliżej pałacyku a ok. 500m od mniejszego fortu. Konstrukcja jest identyczna z poprzednią prochownią ale już bez ozdób na zewnętrznej elewacji za to z wymurowaną datą budowy. Na stropie także były umieszczone charakterystyczne czerpnie powietrza, które jeszcze istnieją w bardzo złym stanie. W latach współczesnych także była wykorzystywana na magazyny żeglarskie i była przed nią mała keja. Obecnie prochownia stoi otwarta, opuszczona i dewastowana, ma częściowo odsłonięty strop. Prochownia jest w rękach prywatnych, ale jest dostępna i niezagospodarowana.

Wszystkie prochownie można obejrzeć spacerując brzegiem rzeki, rozpoczynając wycieczkę w przystani a kończąc na terenie pałacu.

Na podstawie: Przemysław Boguszewski "Twierdza Zegrze", wyd. Forteca, rok 2000.