Twierdza Zegrze wyposażona została w dwa kompleksy koszarowe, po jednym na każdym brzegu Narwi (Zagroby oraz Zegrze).

Koszary w Zagrobach (obecnie Zegrze Południowe) to prawie 50 budynków podzielonych w trzy zespoły. Całość zabudowań wzniesiona została na potrzeby dwóch pułków piechoty fortecznej. Postały tutaj obiekty parterowe i piętrowe, zarówno drewniane i ceglane. Obiekty wyróżniały się bogatymi ceglanymi dekoracjami. Koszary pokryto spadzistymi dachami z niewielkimi, półkolistymi okienkami, charakterystycznymi dla carskiego budownictwa garnizonowego. W koszarowcach najbliższych Narwi zakwaterowano oficerów. Następne budynki zasiedlili szeregowcy i podoficerowie. Wybudowano tu także całe zaplecze gospodarcze dla załogi twierdzy. Powstały m.in. magazyny mąki oraz prochownie. Całość zabudowań graniczyła ze stacja kolejową.

Koszary na dziedzińcu twierdzy (w Zegrzu) przeznaczono dla jednego batalionu artylerii fortecznej. Zabudowania powstały wzdłuż jednej reprezentacyjnej alei we wschodniej części twierdzy. Wybudowano tutaj około stu budynków. Były one głównie parterowe, zarówno drewniane jak i ceglane. Tutaj także ulokowano dowództwo twierdzy. Na brzegu rzeki wybudowano prochownię oraz zbiornik na spirytus. Dawny kościół katolicki został przebudowany na cerkiew. Pałac Radziwiłłów zaadoptowano na letnią rezydencje dowódcy Warszawskiego Rejonu Fortecznego. Powstał także najbardziej reprezentacyjny obiekt - klub garnizonowy. Teren uzupełniono o zabudowania gospodarcze wojsk artyleryjskich - zbrojownie, warsztaty i magazyny. Istniał tu także mały cmentarz garnizonowy.

Piętrowe koszary w Zagrobach, najbliższe stacji, stoją do dzisiaj. Przez wiele lat mieściły się tam Wojskowe Zakłady łączności oraz ośrodek badawczy Wojskowego Instytutu łączności. Cześć zabudowań przeznaczono na cele mieszkaniowe. Koszary w Zegrzu w większości nie przetrwały do naszych czsów. Pozostały pojedyncze budynki. Zachowane jest kasyno garnizonowe. Nie przetrwał żaden obiekt drewniany.